بعد أن تولى مرسى ا لرئاسة أعد خطة تمكين للجماعة وأخونة مفاصل الدولة من شهر يوليو 2012. وتضمنت الخطة الإخوانية إزاحة كبار القادة العسكريين حتى يتسنى تنفيذها وقالت المصادر: إنه تم إسناد مهمة سرية إلى عصام الحداد مساعد «مرسى» للشئون الخارجية، فى هذا التوقيت للاستفسار من إدارة أوباما عن أقرب القيادات العسكرية المصرية لهم فى ذلك الوقت وأخطرهم الحداد بأنه توصل الى أن أكثر القادة هو أحد أعضاء المجلس العسكرى الذى كان يشغل منصباً عسكرياً رفيعاً برتبة «لواء» والذى كان قد تم دفعه من جانب المجلس العسكرى لإقامة علاقات قوية. بجنرالات «البنتاجون» فقام «مرسى» باستدعاء «اللواء» بمفرده فى مطلع أغسطس عام 2012، بزعم استشارته فى تغييرات جذرية يعتزم تنفيذها بوزارة الدفاع بحجة تجديد الدماء وعرض عليه منصباً عسكرياً، رفيعاً، إلا أن «اللواء» قام بدافع ولائه الوطنى والعسكرىبنقل تفاصيل هذا اللقاء الى المشير محمد حسين طنطاوى وزير الدفاع السابق الذى طلب منه مجاراة «مرسى»، واتفقا على أن يطرحا عليه اسم اللواء عبدالفتاح السيسى قائد المخابرات الحربية فى ذلك الوقت باعتباره قائداً شاباً وكفئاً ومنضبطاً عسكرياً وأخلاقياً، وبالفعل تم طرح اسم «السيسى» على «مرسى» فأعجبه الاختيار وتم تمرير الاسم الى مكتب الإرشاد والتنظيم الدولى للإخوان فى نشوة كبرى، وهلل طاقم الرئاسة الإخوانية لهذه «الضربة» ضد المؤسسة العسكرية من وجهة نظرهم.
وأصدر «مرسى» فى يوم 12 أغسطس 2012 إعلاناً دستوياً نص على إلغاء الإعلان الدستورى المكمل الذى أصدره المجلس العسكرى فى 17 يونية 2012، كما أصدر فى نفس اليوم قراراً بإحالة المشير «طنطاوى» والفريق سامى عنان وبعض أعضاء المجلس العسكرى للتقاعد وتعيين آخرين، كان على رأسهم تعيين عبدالفتاح السيسى وزيراً للدفاع ثم أصدر قراراً بترقيته الى رتبة الفريق أول، وقام السيسى بالتنسيق مع العصار وطنطاوى بإجراء حركة تغييرات واسعة داخل المؤسسة العسكرية بهدف إفشال مؤامرة الولايات المتحدة والإخوان.